在结构上的区别如下：
1、咖啡碱：三甲基黄嘌呤，C8H10N4O2
2、可可碱：3,7-二氢-3,7-二甲基-1H-嘌呤-2,6-二酮，C7H8N4O2
3、二氧二甲基嘌呤，C7H8N4O2
用途如下：
1、可可碱可作为苦味剂，用于饮料或作为食品添加剂。
2、咖啡碱是一种中枢神经的兴奋剂，因此具有提神的作用。在对咖啡碱安全性评价的综合报告中的结论是：在人正常的饮用剂量下，咖啡碱对人无致畸、致癌和致突变作用。
3、茶碱用于支气管哮喘、急性支气管炎、哮喘性支气管炎、阻塞性肺气肿等，以缓解喘息症状。也适用于慢性支气管炎和肺气肿伴有的支气管痉挛的症状。可用于心源性哮喘、心源性水肿及急性心功能不全的患者。还可用于胆绞痛患者。
扩展资料：
注意事项：
1、茶碱
茶碱类药可致心律失常，使原有的心律失常恶化，患者心率或心律的任何改变均应密切注意。
2、可可碱
低血压、血压不稳或肾功能不全患者慎用。驾驶车及机器操作者慎用。
3、咖啡碱
咖啡碱主要靠人工合成，或为工厂生产不含（或低含量）咖啡碱的咖啡时的副产品。咖啡碱具有兴奋中枢神经作用，医药上可用作心脏和呼吸兴奋剂，是利尿合剂的成分之一。
参考资料来源：
搜狗百科-茶碱
搜狗百科-可可碱
搜狗百科-咖啡碱