元朝仍继续保留着宋朝遗留下的一些御茶园和官焙（制茶工场），元大德三年（公元1299年），计有茶园120处，在武夷设焙局（制茶工场）于四曲溪，称御茶园，焙工数以千计，大造贡茶。据董天工《武夷山志》载，元顺帝至正末年（公元1367年），贡茶额达990斤，明初仍之，至明世宗嘉靖三十六年（公元1557年），建宁太守钱黼因本山茶枯，御茶改贡延平（福建南平）。
明朝御茶生产，茶农负担甚重，除完成摊派的贡额之外，每年还要分担喊山供祭费。清・释超全《武夷茶歌》载：“景泰年间（公元1450～1456年）茶久荒，喊山岁犹供祭费，输官茶购自他山。”当时建宁每年惊蛰日，官吏致祭御茶园边的通仙井，祈求井水满而清，用以制贡茶，祭毕鸣金击鼓，台上扬声同喊曰：“茶发芽”！称喊山。
至明朝时，蒸青团饼茶渐渐减少，随着炒青芽茶的出现，开始改贡芽茶（即散茶）。据《明大政纪》记述，明太祖朱元璋于“洪武二十四年（公元1391年）九月，诏建宁岁贡上供茶，罢造龙团，听茶户推采芽茶以进，有司勿与。天下茶额惟建宁为上，其品有四：深春、光春、次春、紫笋，置茶户五百，免其摇设。上闻有司遣人督迫纳贿，故有是命。”因此正式改贡芽茶是自明朝始，芽茶品质优于团饼茶，官吏们趁督造贡茶之机，贪污纳贿，无恶不作。
《明食货志》载：“明太祖时（公元1368～1398年），建宁贡茶一千六百余斤，到朱载隆庆（公元1567～1572年）初，增到二千三百斤。”明朝其他各地贡茶额也都比宋朝增加。其增加的数额中，相当一部分是督造官吏层层加码之故。明孝宗弘治年间（公元1488～1505年），进士曹琥《请革贡茶奏疏》，曾揭露了这种贡茶苛政，《疏文》说：“臣查得本府（广信府）额贡芽茶，岁不过二十斤。迩年以来，额贡之外有宁王府之，有镇守太监之贡。是二贡者，有芽茶之征，有细茶之征。始于方春，迄于初夏，官校临门，急如星火。农夫蚕妇，各失其业，奔走山谷，以应珠求者，相对泣。因怨而怒，殆有不可胜言者。如镇守太监之贡，岁办干有余斤，不知实贡朝廷者几何？”奏疏中接着陈述了贡茶的五大害处：其一，采制贡茶正当春耕季节，农民男废耕，女废织，全年衣食无着；其二，早春二麦未熟，农民饿着肚子采茶制茶，困苦不堪；其三，官府收茶百般挑剔，十不中一，茶农只好忍受高价盘剥，向富户购买好茶，以充定额；其四，无法交够定额，只得买贿官校，以求幸免；其五，官校乘机买卖贡茶，敲诈勒索，整得农民倾家荡产。
天下产茶之地，岁贡都有定额，有茶必贡，无可减免。据《明旧志》载，明神宗万历年间（公元1573～1620年），昔富阳鲥鱼与茶井贡，百姓苦难言。佥事韩邦奇曾写了一首《茶歌》，揭露当时统治者的罪行。
元、明、清朝贡茶的采制方法和贡茶品目，历经700多年的变革，有很大的差异性。元朝仍以蒸青团饼茶为主，明朝开始改贡芽茶，妙青技术得到了很大的发展，采摘细嫩芽叶，炒制成形态各异的茶叶。这时蒸青茶、烘青茶、炒青茶并存。至清朝，在明朝贡茶的基础上有了扩大，以烘青茶与炒青茶为主，制工更加精细，外形千姿百态，同时创制了乌龙茶、红茶、黑茶、花茶等，广大茶区形成了多种茶类的贡茶。
至清朝，贡茶产地进一步扩大，江南、江北著名产茶地区都有贡茶，有些贡茶还是皇帝亲自指封的。如清圣祖康熙皇帝在康熙三十八年（公元1699年）南巡江苏太湖，巡抚宋荦购朱正元独自精制的品质最好的“吓杀人香”茶进贡，康熙皇帝以其名不雅，即题曰“碧螺春”，从此“碧螺春”茶岁必采办进贡。
清高宗乾隆皇帝在乾隆十六年（公元1751年）南巡时，为搜刮地方名产，诏今日：进献贡品者，庶民可升官发财，犯人重刑减轻。徽州名茶“老竹铺大方”，就是当时老竹庙和尚大方创制进贡的，乾隆就赐以“大方”为茶名，自此也岁岁精制进贡。
浙江杭州西湖龙井村至今还保存着当年乾隆皇帝游江南时封为御茶的18棵茶树。据传，乾隆十八年（公元1753年），乾隆皇帝在杭州游了天竺，览乡民采茶焙制之法以后，又微服私访至龙井狮峰，品尝了胡公庙前茶树上所采茶叶制成的龙井茶，果然香味尤佳，遂将庙前18棵茶树封为御茶，从此龙井茶名声更大，岁贡更多。然而皇帝的欢心，换来的是百姓的苦难。清朝钱塘人陈章，看到朝廷贡茶强加在茶户身上的苦难，以同情之心，写了一首《采茶歌》，歌云：“风篁岭头春露香，青裙女儿指爪长，度涧穿云采茶去，日午归来不满筐。催贡文移下官府，那管山寒芽未吐，焙成粒粒比莲心（龙井茶挺秀黄绿似莲心），谁知依比莲心苦。”
有关，贡茶自唐宋时期开始就成为了一种官工业，与瓷器一样，有着官府管理制作。茶赋也是当时百姓的一种负担，自明后才有所好转